进入隐秘之城是游戏主线流程的关键环节，玩家需要遵循特定的剧情推进顺序才能抵达。这个过程并非在游戏开局就能直接前往，而是需要先完成一系列前置的主线任务和试炼。在完成了猎鹰试炼并到达名为奇普瞭望点的大本营通往隐秘之城的道路才会变得清晰。在此之前，玩家需要探索库阿克雅库等区域，逐步解开故事的谜团，为进入这座被隐藏的城市做好准备。
从奇普瞭望点出发，玩家需要寻找通往隐秘之城的路径。这条路径通常被称为隐秘之城的通道，它本身就是一个包含解谜要素的古墓挑战。在这个通道区域进行探索，解决其中的环境谜题，是进入隐秘之城的必经步骤。成功完成该古墓的挑战后， 将获得一件名为曼科的靴子的重要装备。这件装备不仅是探索的奖励，也标志着通往隐秘之城的大门已经打开，玩家可以继续向前推进。
穿过隐秘之城的通道后，玩家便会正式抵达隐秘之城，游戏内地图上这个广阔的新区域也随之解锁。这座城市被称为帕依提提，是一个充满秘密、支线任务和收集要素的大型开放区域。抵达后，玩家首先会进入帕依提提市场，这里是进行物资补给、接受新任务和了解当地剧情的重要枢纽。游戏的主线任务会引导玩家在此地进一步探索，并逐步揭开关于巨蛇之眼和银盒子的核心剧情。
进入隐秘之城后，游戏的探索自由度显著提高。除了跟随主线剧情寻找伊希切尔的银盒子外，玩家可以立即开始在帕依提提及其周边进行基础探索。这座城市及附近的荒野丛林、神庙区、藏骨堂等地分布着大量的古墓挑战、墓穴、文物收集点和支线任务，例如取回国王的号角和解救科尔奎等。
