穿过灰岩坑的方法是在应对多波敌人战斗并完成水车与龙头机关解谜后，开启最后的大门并沿唯一路线逃离即可。进入遗迹后首先会与变异人发生战斗，当第二波敌人冲击木栅栏时，注意用枪射击他们旁边的绿色气体罐，利用爆炸烧死敌人可以更有效地清理战场。继续前进会遇到一个被卡住的水车转轮，需要潜入水中，用登山斧撬开卡住转轮的木条，然后上岸操作旁边的转盘，将转轮的缺口旋转至朝下的位置，最后从水下穿过这个转轮就能到达下一个区域。
灰岩坑的核心解谜集中在最后的大门处，这里需要操作多个龙头进行引流来启动水车。首先来到右侧平台，将最右边的石头龙头旋转到朝向右侧，然后攀爬这个龙头到达上方的高台，凿开高台上龙头转轴下方堵住的木板。完成后再返回下方的转盘处，将这个龙头旋转到朝向左边。接着回到高台上，转动高处的龙头，让水流注入下方龙头的接水槽中。旋转左下角的那个龙头，让它朝向左侧，这样水流就会引到左侧的水车上并将其启动，解开第一道水流机关。
穿过第一个水下的转动轮子后，会来到左侧的平台，这里需要进行第二组类似的操作。先将左侧龙头的水引入前方的水池，然后跳入水池，撬开这个龙头转轴下卡住的木条。之后再次旋转左侧的龙头，让水流向右侧龙头的接水槽。最后旋转右侧的龙头使其朝右，将水引到另一个水车上启动它。完成这两处引流解谜后，通往灰岩坑深处的道路就会打开。在此区域探索时，水下有多个宝箱可以开启，完成水下宝箱的收集挑战，同时水底还可能找到提升语言知识的文物盒子。
在灰岩坑区域进行探索时，不要错过各种收集品。刚进入沼穴入口附近，可以在大本营旁的遗迹入口地面找到一份文献。在拱形遗迹内能发现一个探险家背包，查看后可以在地图上标记出本关所有求生贮藏点的位置。在水下的不同位置，如峡谷缝隙、悬崖边和底部，藏有需要开启的箱子以及文物和资源。该区域还包含一个名为圣科尔多瓦的古墓挑战，从一条堆积尸骨的水道进入，内部需要操作移动炮台和利用环境摆荡来解开谜题，最终打开被卡住的木栏。
