巴巴罗萨战役在帝国时代2中是一个具有挑战性的系列，其核心玩法围绕稳固的资源管理、适应关卡的兵种搭配以及灵活的战略执行展开。该战役讲述了神圣罗马帝国皇帝腓特烈一世的征战历程，玩家需要从巩固帝国内部权威开始，逐步应对意大利城邦的反抗并最终进行远征。整个战役要求玩家在发展经济与军事力量之间取得平衡，并根据不同关卡的目标调整策略，例如应对盟友的潜在背叛、完成特定的招降或抵达目标点等任务。
经济运营是贯穿战役始终的基石，开局阶段必须快速建立高效的生产循环。优先采集食物和木材以确保农民的持续生产与军事单位的基础训练，同时需要合理分配黄金和石料这类稀缺资源，用于关键科技升级、建造城堡或生产特色单位。在部分关卡中，玩家初始资源有限甚至没有村民，必须依赖盟友提供支援或通过招降等方式获取劳动力，因此迅速建立自己的城镇中心并开辟资源点至关重要。资源分配需兼顾防御建筑与进攻部队的建设，为持久作战打下坚实基础。
条顿文明的兵种特色决定了本战役的战术选择倾向于稳扎稳打。条顿武士拥有极高的防御力，是优秀的frontline单位，适合在推进中作为肉盾，但其缓慢的移动速度要求玩家注意阵型保护与协同推进。骑兵单位如骑士可用于机动作战与突击，而 在战役中扮演着不可或缺的角色，不仅可用于治疗部队，其招降技能更是完成特定关卡目标的关键。在海军方面，需要根据关卡要求及时建造船坞，生产战舰或喷火船以取得制海权，保障运输线路安全或清除沿岸威胁。
战役中的每一关都有其独特的挑战与通关要点。第一关神圣罗马皇帝要求玩家巩固地位，击败或联合周边诸侯。第二关猛狮亨利的难点在于盟友的不稳定性，需要提前做好军事准备以应对可能的背叛。第三关教皇之争的目标是占领米兰大教堂，关键在于控制河道并运用 进行招降，而非强攻。第四关伦巴第联盟需要扫平意大利北部的反抗力量。第五关红胡子行军是一场跨越安纳托利亚的远征，途中会发生地震改变地形，需要灵活调整路线并救援沿途的落难部队以增强实力。
