头骨山洞，也就是沙漠矿洞，是获取神秘矿石的核心区域。从第70层开始，神秘矿石就有机会出现，并且层数的深入，出现的频率会显著提升。到达100层每层都可能出现多个神秘矿石的矿点，而当探索到300层以后，它的矿点数量就会变得和普通石头一样多。击败该区域的紫色史莱姆也有概率直接掉落神秘矿石或加工好的锭块。
火山地牢是另一个重要的地点，其特殊环境会增加稀有矿物的生成概率，但那里的怪物强度较高，进行探索前需要做好充分的战斗准备。采石场则提供了一个相对稳定且无战斗风险的神秘矿石来源，虽然这里的矿点刷新周期较长，但会随时间自然恢复，适合定期查看采集。
神秘矿石的出现概率极低。偶尔在115层到119层能够发现它的矿点，但这种机会非常少见，因此不建议玩家专门为了神秘矿石而在这些楼层蹲守。相比之下，直接前往头骨山洞深处是效率更高的选择。除了直接挖掘，还有其他方式可以获得神秘矿石。旅行货车有时会随机出售，但价格较高。打开万象晶球或岩浆晶球也有较小概率获得。如果你拥有完美雕像，它每天能稳定产出2到8个神秘矿石，是一个可靠的补充来源。在鱼塘中养殖大海参，培养成熟后也有概率每天收获1到3个矿石。
如果你计划进行高效采集，可以考虑将采矿技能升级至5级时选择地质学家专精，并在10级时选择宝石专家，这能提升矿物获取效率。探索时携带磁力戒指可以扩大吸附范围，节省时间。采集到矿石后，记得用熔炉配合煤炭将其冶炼成神秘矿石锭块，这是用于后期火山锻造台强化功能的重要材料。
