参加军团战争是玩家争夺星系主权的核心玩法，它允许玩家通过集体行动获取稀缺资源和政治筹码。军团战争分为针对星系主权和星系设施的宣战类型，前者控制整个星系，后者则用于削弱防守方的优势设施如警戒塔或跳跃通道生成器。玩家需要先加入或创建军团，并通过完成主线任务解锁相关功能，才能参与这些大规模冲突。战争的成功不仅带来矿物产出和奖励点收益，还影响军团在宇宙中的势力范围和发展潜力。
在参与军团战争前，玩家需要确保个人装备和团队规模达到推荐标准，以适应不同富饶度星系的挑战。装备等级应根据目标星系的难度选择，例如低富饶度星系建议使用T1R2级别装备，而高富饶度星系可能需要T2R4或更高等级。团队规模也需匹配战争需求，低难度战场建议不少于15人，高难度则需40人以上。玩家应提前集结到主权归属于五大国的中立星系，这些地点作为战前基地，方便进行舰队搬迁和战略部署，以避免在战争开始后因距离问题影响效率。
军团战争的流程分为备战、交战、休战和决战四个主要阶段，进攻方需连续赢得上下半场才能获胜，而防守方只需胜出一场即可。宣战阶段由进攻方发起，支付费用后进入备战阶段，此时防守方有3小时准备时间，进攻方的干扰塔会自动锚定但处于无敌状态。交战阶段围绕护盾稳定塔或设施展开攻防，进攻方需削减防守方建筑护盾，防守方则需摧毁干扰塔。如果进攻方获胜，战争进入休战阶段，持续24至48小时，期间建筑无敌但其他PVP行为仍可进行；决战阶段规则类似交战阶段，若进攻方再次获胜，则进入宣告阶段，任何非防守方军团可交互控制中枢夺取主权。
有效的团队协作和战术执行是取胜的关键，玩家需根据职责分工优化舰船配置和战斗策略。火力舰船应专注于输出，避免携带过多回盾装置，因为军团中通常有专门的后勤舰船提供支援；电子战舰船则负责干扰敌方能量或护盾系统。统一指挥下，舰队应采用集火战术快速消灭目标，同时利用范围抗性组件增强防御。战争中的实时调整和沟通至关重要，例如应对敌方毁电或反跳装置时，需及时启动回电设备或标记目标转化伤害，以维持舰队持续作战能力。
