虫洞探索是获取高级装备和稀有资源的重要途径，其玩法以高风险和高回报为核心特征。在第二银河的宇宙中，存在数百个星图中不可见的虫洞星系，它们通过颜色标识出五种不同的危险等级，从平静到凶险，颜色越深则内部的敌舰强度越高，同时潜在的奖励也越丰厚。玩家需要通过星图切换到虫洞分布视图来定位入口，并跃迁至对应的虫洞星门进入。由于空间结构的特殊性，不同吨位或级别的舰船会进入各自对应的独立副本，因此组队时统一船型至关重要。进入虫洞后，舰船会立即受到一种名为空间扭曲的持续效应影响，该效果会随时间推移逐步加重，最高可削弱高达95%的能量回复效率，使得能量管理成为整个探索过程中的生存关键。
进行虫洞探索前，充分的战前准备是降低风险的基础。在舰船选择上，驱逐舰和巡洋舰因其在船舱容量、机动性与火力之间取得了良好平衡而被广泛推荐，其万一损毁时的损失也相对小于更高级别的舰船。装备配置必须优先考虑对抗扭曲效应，强烈建议携带能量回充增效器、护盾通量线圈等能量恢复与增益组件。武器方面，推荐使用能耗与输出较为均衡的二联装型号，并为所有武器在船舱内备足至少两个基数的完全相同的备用弹药，以防弹尽粮绝。角色属性加点方面，为了兼顾效率与生存，采用半攻半防的加点策略是一种稳妥的选择。携带能够提供回盾、回电或承受伤害的援护舰长，也能极大提升探险的续航与安全性。
虫洞内部由维序区和暗区两部分构成，掌握区域转换策略是最大化收益的核心。维序区是禁止玩家间PVP战斗的安全区域，而暗区则允许自由交战，风险与奖励并存。一个关键的技巧是，建议玩家先在维序区进行任务，当空间扭曲效果累积至约七层时，再选择进入暗区。这样做可以重置扭曲效果的层数，从而获得额外的有效探索时间，并且暗区产出的奖励品质通常高于维序区。在暗区活动必须高度警惕，特别是人数较多的区域可能存在组队埋伏的风险。无论身处哪个区域，在战斗中都应优先锁定并消灭名字为捍卫者、追逐者或追猎者的敌舰，因为它们通常携带毁电装置，能迅速瘫痪我方的能量系统，威胁最大。
虫洞内分布着多种多样的信号坐标，触发后形成各类任务与 ，需要采取不同的应对方式。任务主要分为战斗类和辅助解谜类。战斗任务通常要求击败数波敌舰，完成后会开启奖励货柜。辅助任务则包括信标排序、遗弃前哨站的答题等，成功完成可获得增益状态或降低扭曲等级。经典的六灯信标排序谜题，操作一盏灯会同时改变其自身及相邻两盏灯的状态，目标是点亮全部信标。探索中还会遭遇加速轨道、打劫三人组、青龙数据枢纽、太阳号残骸、巴卡与张兄等特定场景，每个场景都有其独特的机制和选项，不同的选择会导向不同的战斗难度与奖励结果，需要玩家根据自身实力和局势谨慎判断。
