开船的核心操作是修复废弃码头并利用大地图界面进行运输。首先在应天府界面最下方找到废弃码头，点击后消耗资源完成修复，修复成功后才能解锁船只功能。接着点击界面左下角的应天府印，选择大地图选项，此时地图上会显示帆船或船只图标，点击图标即可进入运输准备界面，选择目的地、运输的居民及物资后确认出发。跨城运输需先解锁目标城市，例如苏州需完成应天城郊支线任务，杭州则需消耗春笋解锁特定地块。
船只运输分为居民和物资两类，居民运输耗时较短，单人运输需30分钟，双人为1小时，可通过观看广告加速。物资运输按份数计算时间，每2份资源耗时1分钟，与资源类型无关，因此推荐优先运输基础资源如蔬菜、木材、菜肴等。初期建议将应天府的富余物资运往资源匮乏的新城市，例如苏州建造成本高且缺乏基础物资，可通过船运实现资源互补。船只最多可升级至3艘，但第三条船需消耗200补天石，需权衡资源分配。
物资接收环节易被忽略，需手动切换至目标城市领取。当运输船抵达时，目标城市的河道上会出现带有完成按钮的小船图标，点击即可接收物资。若未及时切换城市，小船图标可能因尺寸较小难以察觉，导致物资滞留。运输至苏州的居民若尚未在应天府入住，可直接在苏州分配任务，无需返程运输。新城市初期可能无码头，居民运抵后暂时无法返回原城市。
部分特殊区域如杭州码头有额外解锁条件。需按顺序开发潮鸣坊、百井坊等13个地块，总计消耗约562050铜钱和6颗春笋，其中晴川坊需1颗、寥寥坊需5颗。开发过程中需优先解锁靠近码头的地块，直至出现旗帜标识才算完成。若未按顺序开发或中途转向其他地块，将浪费大量铜钱与时间。春笋可通过苏州探险获取，建议提前储备至少300酒用于探索任务。
